Az EHV első (vagy méginkább megelőző) lépése a szűrés, mely egyfajta elővizsgálatnak tekinthető. Alapvető célja annak a kérdésnek a megválaszolása, hogy a tervezett intézkedés esetében szükség van-e EHV végzésére. Ahhoz, hogy a szűrés igazán hatékony legyen, megfelelő szervezeti feltételek szükségesek, így állandó szakértői csoportnak kell rendelkezésre állnia az adott döntéshozatali szinten - illetve azzal együttműködve - már az intézkedés tényleges vizsgálatát megelőzően. Bizonyos országokban, így hazánkban is – ahol az EHV a KHV-ba integráltan kerül elvégzésre – az EHV-köteles intézkedések körét törvény vagy rendelet állapítja meg. Ebben az esetben a szűrés első lépése annak vizsgálata, hogy a jogszabály hatálya kiterjed-e az adott intézkedésre.

A szűrés módszere a tervezett intézkedés elemeinek és azok potenciális hatásainak a rendszerezett, listaszerű áttekintése, mely kiterjed az intézkedés természetével, paramétereivel kapcsolatos kérdésekre, úgy mint:

A kérdéslista ill. a kérdésekre adott válaszok alapján azonosíthatók azok a tervezett intézkedések, amelyek esetében nem szükséges (vagy nem lehetséges) az egészség-hatásvizsgálat elvégzése.

Az EHV mellőzését a következő okok indokolhatják:

Ezekben az esetekben a szűrés eredménye közvetlenül felhasználható és interpretálható a döntéshozatali folyamatban. Fontos biztosítani azonban, hogy különböző szelekciós szempontok bevezetése esetén se maradjon el még a látszólag kisebb jelentőségű, de bizonytalan egészséghatásokkal járó intézkedések vizsgálata sem.