Ugrás a tartalomhoz

Genetika és genomika

Falus András, László Valéria, Tóth Sára, Oberfrank Ferenc, Pap Erna, Dr. Szalai Csaba (2014)

Typotex Kiadó

Ritka variációk problémája

Ritka variációk problémája

Jellegükből adódóan a GWAS-ra használt chipekkel a gyakoribb variációkat tudjuk vizsgálni, azaz a chipek túlnyomó részénél az 5%-nál gyakoribbakat. Ez egybeesik azzal az elmélettel, amelyet gyakori betegség – gyakori variációnak (angolul common disease common variants, vagy CD/CV) hívnak, azaz a gyakori betegségeket gyakori kis-, de összeadódó hatású genetikai variációk okozzák. Ezzel szemben számos bizonyíték van rá, hogy legalábbis egyes betegségeket a ritka, de erős hatású genetikai variációk okozzák (ez a gyakori betegség-ritka variáns, angolul common disease-rare variants (CD/RV) hipotézis. Ilyen pl. a mellrák, amelyben különböző génekben már több ezer olyan, populációs szintén ritka variációt találtak, amelyek hajlamosítanak a betegségre. De hasonló példákat lehet mondani a lipidanyagcserével, hallásvesztéssel, mentális retardációval, autizmussal vagy skizofréniával kapcsolatban. Ezek hozzájárulnak a betegségre való hajlam továbbörökítéséhez, de a rendelkezésre álló chipekkel, illetve GWAS-szal nem lehet őket detektálni.

A ritka variációk egy statisztikai problémát is okozhatnak, amit egy cikk szintetikus asszociációnak hív. Itt megállapították, hogy egyes gyakori variációk véletlenszerűen gyakrabban fordulnak elő a ritkább, oki variációval, és ebből hibás következtetéseket vonhatunk le. Azaz olyan géneket, szabályozó régiókat detektálhatunk, amelyek nem játszanak szerepet az adott fenotípusban.