A Golgi komplex apró membrán-zsákocskákokból áll. Alapvetően három kompartmenre differenciálódott:

A cisz Golgi kompartment az endoplazmatikus retikulumhoz közel helyezkedik el és fogadja azokat az ER-ról levált, membránnal határolt kis vezikulákat, melyek az ER-ből származó fehérjéket tartalmazzák.

A középső Golgi kompartment résztvesz az oligoszacharid-oldalláncok módosításában.

A transz Golgi kompartment követi a középen elhelyezkedő kompartmentet, feladata a fehérjék továbbítása a megfelelő sejtorganellumokba.

3.8. ábra - Golgi komplex

Az ER-ból Golgi komplexbe jutott fehérjék további módosulásokon mennek keresztül. Itt történik meg végleges érési folyamatuk, ami magába foglalja a cukoregységek lehasítását, ill. a fehérjékhez újabb cukoregységek hozzáépítését. A glükolizáció alapvetően szükséges a fehérje molekulák 3 dimenziós térszerkezetének a kialakulásához (fehérjék feltekeredése), de szerepe van a szerkezet stabilizálásában is, ami védőhatást jelent a sejten kívüli térben elhelyezkedő fehérjebontó enzimek káros hatásával szemben.

A Golgi komplexben történik meg a fehérjék "jelzése", melyek alapján a fehérjék a lizoszómákba kerülnek.

A lizoszómák olyan enzimtartalmú sejtorganellumok, melyekben különböző, a sejt számára már feleslegessé vált anyagok, makromolekulák (cukrok, zsírok, fehérjék, nukleinsavak stb.) bontása történik. A lizoszómákban történő enzimek csak savas környezetben (pH: 4-5 között van) képesek működni. A lizoszómák részt vesznek a fehérje transzportfolyamatokban, ill. a fagocitózis vagy pinocitózis útján felvett anyagok lebontásában is. Ennek alapján megkülönböztetünk primer lizoszómákat (ER és Golgi komplexxel vannak kapcsolatban) és szekunder lizoszómákat (fagocitózis, pinocitózis).