1992. május 21-én elfogadta a Tanács a 92/43/EGK irányelvet, a természetes élőhelyek, valamint a vadon élő állatok és növények védelméről.

Ez az irányelv hozta létre a NATURA 2000 programot, ami nem más mint "a különleges természet-megőrzési területek egységes európai ökológiai hálózata". Az irányelv – már a címéből is láthatóan – kettős természetű, egyrészt a fajok, másrészt az élőhelyeik (területek) védelmére épít.

Célja, hogy a természetes élőhelyek, valamint a vadon élő állatok és növények védelmével hozzájáruljon a biológiai sokféleség védelméhez Az irányelvi céloknak megfelelően meghozott intézkedések célja pedig a közösségi jelentőségű élőhelyek, valamint a növény-, illetve állatfajok kedvező védettségi helyzetének fenntartása, illetve helyreállítása.

A NATURA 2000 hálózat kialakításának deklarálása mellett, meghatározza a hálózat stratégiai célját, kialakítással kapcsolatos tagállami kötelezettségek. A hálózat célja a meghatározott természetes élőhely-típusok, valamint az érintett fajok élőhelyei kedvező védettségi állapotának a fenntartása, szükség szerinti helyreállítása.

Az irányelv I. melléklete felsorolja a közösségi jelentőségű élőhely típusokat, a II. melléklet pedig a közösségi jelentőségű növény-, illetve állatfajokat. Az irányelv erejénél fogva a NATURA 2000 hálózat részét képezik a madárvédelmi irányelv alapján a tagállamok által kijelölt különleges madárvédelmi területek is.

A tagállami kötelezettségek a NATURA 2000 hálózat kialakításával kapcsolatban a következők:

A hálózathoz tartozó különleges természet-megőrzési területek kijelölése, az irányelv által meghatározott szabályok szerint.

Ennek során alapvető követelmény, hogy a tagállamok olyan arányban járuljanak hozzá a hálózathoz, amilyen arányban a területükön az I.-II. mellékletek szerinti élőhely-típusok, illetve fajok élőhelyei megtalálhatóak.

A területek kijelölési, létrehozási eljárását az irányelv részletesen meghatározza. A tagállamnak az irányelv III. melléklet első szakaszában meghatározott követelményeknek megfelelően értékelnie kell az ország területén található élőhely-típusokat, élőhelyeket és ez alapján össze kell állítania a javasolt területek jegyzékét, illetve a konkrét területekre vonatkozó tájékoztatót.

A jegyzéket és a tájékoztatót a Bizottság részére meg kell küldeni, amely azt értékeli a III. melléklet második szakaszában foglaltak alapján. A Bizottság az eljárását követően jóváhagyja a közösségi jelentőségű területek listáját, melyet ezt követően a tagállamnak – legkésőbb a jóváhagyástól számított hat éven belül – különleges természet-megőrzési területként ki kell hirdetnie (nemzeti jogszabályban). A nemzeti kihirdetés kapcsán a tagállamnak meg kell határoznia a kijelölés kapcsán figyelembe vett élőhely-típusok, fajok kedvező védettségi állapotának (természetvédelmi helyzetének) fenntartása, vagy helyreálltása, a NATURA 2000 hálózat egységessége, illetőleg a veszélyeztetettség szempontjából jelentős prioritásokat.

Az élőhely-típusok, élőhelyek károsítását, veszélyeztetését a tagállamnak meg kell akadályoznia, ennek biztosítása érdekében minden, olyan tervet, programot (beruházást) amely nem közvetlenül a terület kezelést szolgálja vizsgálat alá kell vonni. A vizsgálat a várható hatások felmérését, illet a hatások adott területre gyakorolt jellegét (kedvező, kedvezőtlen, neutrális) határozza meg. A hatások vizsgálata (becslése) tükrében a hatóságok csak akkor hagyhatják jóvá a tervek megvalósítását, ha az nem befolyásolja hátrányosan az adott terület természeti épségét. Az irányelv külön kiemeli az érintett lakosság vélemény-nyilvánítási jogát is.

Az irányelv rendelkezik arról is, hogy a különleges természet-megőrzési területek fenntartásához a tagállamok kérhetik a Bizottságnál a közösségi társfinanszírozást

A tagállamok szükség szerinti kötelezettsége a területrendezési, illetve területfejlesztési politikájuk keretében a növény-, illetve állatvilág számára jelentős táji jellegzetességeknek (tájkarakternek) a megóvása. Ilyenek a vonalas vagy folytonos szerkezetű tényezők (pl. folyóvizek, azok partja), tranzithelyek (kisebb tavak, erdőfoltok) melyek fontosak a vándorlás, elterjedés, géncsere szempontjából a fajok számára.

Az irányelvnek a fajok védelmével kapcsolatos követelményrendszer a következőkben összegezhető:

Az irányelv IV. melléklet a) pontja sorolja fel a közösségi szempontból védelemben részesülő állatfajokat. A tagállami kötelezettség e fajok tekintetében olyan intézkedések megtétele, amelyek megtiltják

Tagállami kötelezettség továbbá egy olyan monitoring-rendszer kialakítása, amely a felsorolt állatfajok véletlen befogásának, elpusztításának ellenőrzésére szolgál. Ennek a jelentősége elsősorban a további kutatások, illetve új típusú védelmi intézkedések megalapozására hivatott.

Hasonló szigorúságú rendelkezések vonatkoznak a IV. melléklet b) pontjában szereplő növényfajokra is.

Az V. melléklet szerinti növény-, illetve állatfajok esetében a tagállamok szükség szerinti intézkedéseket hozhatnak az ide tartozó fajok példányainak vadonból történő befogása, begyűjtése, illetve használat korlátozása érdekében, azért, hogy kedvező védelmi helyzetük fenntartható legyen. Ilyen – opcionális – intézkedések lehetnek:

A IV. melléklet a) pontjában, illetve az V. melléklet a) pontjában szereplő állatfajok esetében a befogás, fogva tartás, elpusztítás tekintetében a tagállamoknak minden nem szelektív módszer alkalmazását tiltania kell ami az adott faj populációjának lokális eltűnéséhez, vagy zavarásához vezet. E tekintetben az irányelv VI. melléklete felsorolja a tiltott módszereket, illetve a befogás, elpusztítás (elejtés) során alkalmazási tilalom alá eső közlekedési eszközöket. Ezek a következők:

Nem szelektív eszközök:

Az irányelv – más megoldás hiányában, illetve a fajok populációi kedvező védelmi helyzetének sérelme nélkül – a korábbi tiltó rendelkezések alól felmentést enged az alábbi indokokkal:

Az irányelvben foglaltak jogharmonizációját a természet védelméről szól 1996. évi LIII. törvény, valamint az európai közösségi jelentőségű természetvédelmi rendeltetésű területekről szóló 275/2004. (X. 8.) Korm. rendelet, illetve az európai közösségi jelentőségű természetvédelmi rendeltetésű területekkel érintett földrészletekről szóló 45/2006. (XII. 8.) KvVM rendelet biztosítja.