A mikroelemtrágyák megválasztásánál az alábbi szempontokat kell figyelembe venni:

A mikroelemek felvétele, illetve vegyületeik oldhatósága nagymértékben függ a talaj kémhatásától. A molibdén kivételével a savanyú kémhatástartományban jobban felvehetők. A vízoldható mikroelemvegyületek többsége lúgos kémhatású talajban nehezen oldható vegyületekké alakul át, és a növények számára csak részben hozzáférhető. Kivételt képeznek a kelátok.

Savanyú talajon fennáll a túladagolás veszélye, mivel a növények csak kis mennyiségben igénylik a mikroelemeket, és a nagy dózisok toxikus hatásúak lehetnek. A túladagolás elkerülésére savanyú talajon lassan ható, kis oldhatóságú mikroelemtrágyákat használunk.

Az eddigiekből következik, hogy lúgostalajon a vízoldható mikroelemtrágyáktól csak mérsékelt hatás várható. A növények mikroelemellátásáról lúgos kémhatású talajon kelátokkal vagy permetezőtrágyázással gondoskodhatunk. A kelátok azért használhatók talajtrágyaként, mivel vízoldható vegyületek, de csak kismértékben disszociálnak, emiatt a lúgos talajon nem csapódik ki a mikroelemtartalom. A mikroelemeket oldat formában a növényzetre permetezve kiküszöbölhetjük a talaj kémhatásának kedvezőtlen hatását. A permetezőtrágyázáshoz vízoldható vegyületekre van szükség. A kelátok talaj- és permetezőtrágyaként egyaránt felhasználhatók. Permetezőtrágyázásra az egyszerű, szervetlen, vízoldható vegyületek is alkalmasak.

Savanyú talajon viszont helyesen kell a dózisokat megválasztani, mert a könnyen oldódó vegyületek savanyú kémhatás mellett, nagy koncentrációban alkalmazva káros hatást válthatnak ki, ezért a savanyú talajokon a vízoldható trágyák helyett a gyenge savakban oldható, lassú hatású mikroelemtrágyákat használjuk. A túladagolás permetezőtrágyázással is elkerülhető.

A vas pótlásáról csak karbonátos talajon kell gondoskodnunk, mivel ezekből a növény a vasat nem tudja felvenni. A vashiány tüneteit többnyire szőlőn és őszibarack-kultúrákban figyeltek meg. A vas hiánya a Balaton vidéki szőlőkben, de más borvidékeken is előfordul. A talaj trágyázása szervetlen vassókkal általában nem jár eredménnyel, mivel a talajtulajdonságok következtében a vasionok kicsapódnak. Így a vas pótlása csak permetezőtrágyázással vagy kelátok alkalmazásával lehetséges.

A mangánhiány ritka Magyarországon. Savanyú talajokon éppen ellenkezőleg, toxikus mennyiségek oldódhatnak. Nagy szervesanyag-tartalmú talajokon fémadszorpció révén kötődhet meg, karbonátos talajokon pedig a kémhatásviszonyok akadályozhatják felvételét. Lúgos kémhatású talajokon a mangán-szulfátot savanyúan ható nitrogénműtrágyákkal célszerű a talajba juttatni vagy permetezőtrágyákat kell alkalmazni.

A rézhiánya is nagy szervesanyag-tartalmú talajokon, továbbá olyan homokos podzoltalajokban fordul elő, amelyek összes réztartalma kicsi. Az említett talajokon, továbbá karbonátos talajokon, ahol a felvétel korlátozott, szükség szerint réztrágyázás alkalmazható (pl. gabonaféléknél).

A cink hiánya is többnyire a kedvezőtlen felvételi viszonyok következménye. A már említett tényezőkön kívül a nagy foszfortúlsúly is indukálhatja. A cink pótlása a kukoricánál válhat szükségessé; talaj- és permetezőtrágyázás egyaránt alkalmazható.

A molibdén a legtöbb talajban kellő mennyiségben fordul elő. Pótlása esetenként válhat szükségessé savanyú talajokon, ahol anionadszorpció révén megkötődik. A molibdénhiány savanyú talajon meszezéssel megszüntethető. A molibdéntrágyákat csak szükség esetén, kis adagban alkalmazzák.

Az egyes kultúrnövények molibdénigénye eltérő. A keresztesvirágúak és ezek közül a káposztafélék (karfiol, bimbós kel) több molibdént igényelnek. A pillangósok, illetve a velük szimbiózisban élő gümőbaktériumoknak is szükségük van molibdénre a nitrogenáz aktiválásához.

Rétek, legelők és takarmánynövények trágyázására 150–200 g/ha nátrium-molibdenát használható fel 4–6 évenként, mivel a nagy molibdéntartalmú takarmány molibdenózist okozhat a kérődzőknél. A káposztafélék (karfiol, bimbóskel) trágyázására 0,5–2,0 kg/ha használható évente.

A bórtrágyázás is csak nagy körültekintéssel végezhető. Az egyszikűek igénye lényegesen kisebb, mint a kétszikűeké, és valamennyi kultúra érzékeny a bór feleslegre. A javasolt bóradagok általában 0,5–3,0 kg/ha közé esnek, többnyire nem haladják meg az 1–2 kg/ha adagot.

A kis mennyiségek egyenletes kijuttatása szilárd formában csak úgy lehetséges, ha a bórvegyületet makroelemtrágyákhoz keverjük (pl. bórszuperfoszfát). Permetezőtrágyázásra 0,2–0,3%-os oldatokat használunk, a kipermetezett mennyiség ne legyen több 0,3–0,5 kg/ha-nál.

A bórtrágyázást cukorrépánál és burgonyánál a szénhidrátképzés, lucernánál és hereféléknél a termékenyülés elősegítésére alkalmazzák a magtermesztésben. A gyümölcsféléknél is kedvező hatású a termékenyülésre és szénhidrátképzésre.

A bór pótlásáról bórszegény és frissen meszezett talajokon kell gondoskodnunk, mivel a meszezés hatására a pH emelkedik és a bórfelvétel csökken. A bórtrágyázással nagyobb terméstöbblet érhető el, mint általában a többi mikroelemmel, a többlet bórigényes kultúráknál meghaladhatja a 10%-ot.