Ugrás a tartalomhoz

Genetikai variabilitás a növénynemesítésben

Hajósné Dr. Novák Márta

Mezőgazda Kiadó

4.3. A különböző DNS-technikák összehasonlítása

4.3. A különböző DNS-technikák összehasonlítása

Mindig a vizsgálat célja határozza meg, hogy az előzőekben ismertetett DNS-technikák közül melyiket használjuk. A legmegfelelőbb az, amelyik olcsó, megbízható és egyértelmű, megismételhető eredményt ad.

RFLP és PCR

A genetikai variabilitás detektálására használt PCR-alapú DNS-technikák előnyei az RFLP-vel szemben:

  1. kevesebb DNS-t igényelnek,

  2. kevesebb lépésből állnak,

  3. optimalizálás után a a PCR-alapú módszerek egyszerűbbek,

  4. nem kell radioaktivitást alkalmazni,

  5. a PCR-alapú módszerek a DNS-izolálástól az adatgyűjtésig és a kiértékelésigkönnyen automatizálhatók,

  6. szinte korlátlan számú primer szekvenciát lehet használni.

Kis számú minta esetében a RAPD olcsóbb, mint az RFLP. Nagy mintaszám vizsgálatakor viszont az RFLP a gazdaságosabb. A költségek kiszámításánál figyelembe kell venni a próba, illetve a specifikus primerek kifejlesztésének költségét és a vizsgálandó minták számát is.

RAPD és STS

A RAPD-módszer alábbi hiányosságait kell figyelembe venni:

  1. az alacsony sztringens körülmények között végbemenő amplifkáció során a primer és a templát DNS között gyenge komplex keletkezik, amely bizonyos primerek és sávok esetében rossz reprodukálhatóságot okoz,

  2. a mintázatban kis gyakorisággal nem öröklődő sávok is előfordulnak, amelyek PCR-műtermékeknek tekinthetők,

  3. a különböző laboratóriumok által azonos körülmények között végzett RAPD-analízisek eredményei feltehetően csak azonos PCR-készülék használatakor egyeznek,

  4. a RAPD-sávok domináns öröklődést mutatnak, vagyis a heterozigótákat csak ritkán detektálnak. Így a polimorfizmust csak a sávok megléte vagy hiánya jelzi. Ennek következtében a RAPD és más multilókuszos profilok kevesebb genetikai információt adnak, mint az egy lókuszos kodomináns markerek, pl. az STS.

RAMP és ISA

Mindkét módszer hátránya a RAPD-dal szemben az, hogy radioaktív jelöléssel lehet a mintázatot láthatóvá tenni. A mikroszatellitekhez hasonlítva a polimorfizmus gene-tikai magyarázata sokkal komplexebb lehet, mint az egy lókuszos STS-markerekkel. A RAMP- és az ISA-módszerekkel több lókuszos DNS profilt lehet létrehozni.

STS és RAPD

Az STS-markerek kiküszöbölik a RAPD hátrányait, mert egy lókuszos, kodomináns markerek, továbbá, mert reprodukálható és informatív mintázatot mutatnak. Az STS-módszer hátránya az, hogy a specifikus primerek más fajok vagy nemzetségek vizsgálatához nem használhatók és létrehozásuk idő- és pénzigényes.