Ugrás a tartalomhoz

Genetikai variabilitás a növénynemesítésben

Hajósné Dr. Novák Márta

Mezőgazda Kiadó

7. fejezet - 5. A különböző markerekkel kapott mintázatok kiértékelése

7. fejezet - 5. A különböző markerekkel kapott mintázatok kiértékelése

5.1. A tartalékfehérje-mintázatok kiértékelése

A gélelektroforézis után kapott mintázatok kiértékelését végezhetjük közvetlenül a gélről vagy fotójáról. Először megállapítjuk, hogy a gélnek melyek azok a részei, amelyek egyértelműen kiértékelhetők. Ezután ezekben a régiókban meghatározzuk a fehérjesávok relatív mobilitását és intenzitását is.

A relatív mobilitás meghatározásához egy olyan referencia sávot választunk, amely általában a gél közepén található. Ennek a starttól mért távolságát tekintjük 50-nek, és ehhez viszonyítva számítjuk ki a többi sáv relatív mobilitását. A 25. ábrán bemutatott példán a referenciasáv migrációs távolsága a géllap tetejétől 150,0 mm. A gél tetejétől 222,0 mm-re lévő sáv relatív mobilitása (Rm) tehát

R m = 222,0 150,0 50=74,0 MathType@MTEF@5@5@+=feaafiart1ev1aqatCvAUfeBSjuyZL2yd9gzLbvyNv2CaerbuLwBLnhiov2DGi1BTfMBaeXatLxBI9gBaebbnrfifHhDYfgasaacHOWxf9irVeeu0dXdh9vqqj=hEeeu0xXdbba9frFf0=OqFfea0dXdd9qqaq=JfrVkFHe9pgea0dXdar=Jb9hs0dXdbPYxe9vr0=vr0=vqpWqaaeaabaGaaiaacaqabeaabaqaamaaaOqaaiaadkfadaWgaaWcbaGaamyBaaqabaGccqGH9aqpdaWcaaqaaiaaikdacaaIYaGaaGOmaiaacYcacaaIWaaabaGaaGymaiaaiwdacaaIWaGaaiilaiaaicdaaaGaeyyXICTaaGynaiaaicdacqGH9aqpcaaI3aGaaGinaiaacYcacaaIWaaaaa@438B@

25. ábra - A relatív mobilitás meghatározása referenciasáv figyelembevételével

A relatív mobilitás meghatározása referenciasáv figyelembevételével


A sávok intenzitását denzitométerrel állapíthatjuk meg. Az egyes sávok görbe formájában jelennek meg a denzitogramon. Minél nagyobb intenzitású a sáv, annál nagyobb a görbe alatti terület. Vannak olyan szoftverprogramok, amelyek a denzitogram alapján összehasonlítják a vizsgált fajta kódolt tartalékfehérje-mintázatát a világon fellelhető legjelentősebb fajtákéval és kiírják az azonosságot és/vagy a különbözőséget.

Ha a tartalékfehérjék elválasztására kapilláris gélelektroforézist (CE) használtunk, akkor az elektroforegramokon a retenciós időnek megfelelően elváló csúcsokat sorrend szerint megszámozzuk, a legkisebb retenciós idejű csúcs kapja az 1. számot (26. ábra.). Ha azononosság és/vagy különbözőség megállapítása a célunk, akkor a meglévő és a hiányzó számozott csúcsok alapján a mintákat páronként összehasonlítjuk. A közös pontok összes száma adja az abszolút hasonlósági indexet (ASI), amelyből a relatív hasonlósági index (RSI) az alábbi képlettel számítható:

RSI= ASI N 100 MathType@MTEF@5@5@+=feaafiart1ev1aqatCvAUfeBSjuyZL2yd9gzLbvyNv2CaerbuLwBLnhiov2DGi1BTfMBaeXatLxBI9gBaebbnrfifHhDYfgasaacHOWxf9irVeeu0dXdh9vqqj=hEeeu0xXdbba9frFf0=OqFfea0dXdd9qqaq=JfrVkFHe9pgea0dXdar=Jb9hs0dXdbPYxe9vr0=vr0=vqpWqaaeaabaGaaiaacaqabeaabaqaamaaaOqaaiaadkfacaWGtbGaamysaiabg2da9maalaaabaGaamyqaiaadofacaWGjbaabaGaamOtaaaacqGHflY1caaIXaGaaGimaiaaicdaaaa@3CD3@

ahol N=az összes detektált pont.

26. ábra - Lolium rigidum (a), Lolium multiflorum (b) és egy ismeretlen Lolium faj (c) tartalékfehérje mintázatai kapilláris elektroforézis (CE) után (Dinelli és Bonetti, 1992)

Lolium rigidum (a), Lolium multiflorum (b) és egy ismeretlen Lolium faj (c) tartalékfehérje mintázatai kapilláris elektroforézis (CE) után (Dinelli és Bonetti, 1992)


Az RSI értéke 0–100 között változik, és megadja, hogy két elektroforegram hasonlóságáért a fehérje alkotórészek hány százalékban felelősek. A 26. ábrán bemutatott Lolium rigidum, Lolium multiflorum és egy ismeretlen Lolium faj CE mintázata alapján számított RSI értékeket a 10. táblázat tartalmazza.

10. táblázat - Ismert és ismeretlen Lolium fajok RSI (%) értékei (DINELLI és BONETTI, 1992)

Lolium rigidum

Lolium multiflorum

Lolium rigidum

Lolium multiflorum

54,5

Ismeretlen Lolium faj

45,4

90,9


Az ismeretlen Lolium faj és a Lolium multiflorum összehasonlításából származó RSI-értékből (90,9%) arra lehet következtetni, hogy az ismeretlen minta valószínűleg a L. multiflorum fajhoz tartozik, de másik fajta vagy populáció.