Ugrás a tartalomhoz

Genetikai variabilitás a növénynemesítésben

Hajósné Dr. Novák Márta

Mezőgazda Kiadó

5.3. Az RFLP-mintázatok kiértékelése

5.3. Az RFLP-mintázatok kiértékelése

Az autoradiogramokat vagy nem izotópos jelölés esetén a luminogramokat próba-enzim kombinációnként értékeljük. Egy sáv pár képviselheti egy lókusz két alternatív allélját, egyetlen allél redundáns komponenseit vagy két különböző (kapcsolt vagy nem kapcsolt) lókusz alléljait. A mintázatot számítógépbe visszük, digitalizáljuk, majd a sávokat binárisan kódoljuk; 1=meglévő sáv, 0=hiányzó sáv. Külön kódot adunk a hiányzó értékeknek. Sok lókusz és sok egyed vizsgálatakor számos hiba adódhat amikor a nyers autoradiogramokat vagy luminogramokat átfordítjuk elemzésre alkalmas számítógépes fájlokká. Ezt úgy lehet elkerülni, hogy ugyanazt a gélt ketten értékelik. A félreérthető fenotípusokat legjobb hiányzó értékként kódolni. 120–140 próbaenzim kombináció adataiból főkomponens analízist végzünk pl. a PROC PRINCOMP szoftverprogram (SAS) felhasználásával.

A főkomponens analízist elvégezhetjük próba-enzim kombinációnként meghatározott genetikai hasonlóság (GS) értékekkel is. A genetikai hasonlóság kiszámítását Dice (1945) írta le, majd Nei (1972) alkalmazta először két beltenyésztett vonal közötti genetikai hasonlóság megállapítására. A genetikai hasonlóság kiszámítására az alábbi képletet használjuk:

G S ij = 2 N ij N i + N j MathType@MTEF@5@5@+=feaafiart1ev1aqatCvAUfeBSjuyZL2yd9gzLbvyNv2CaerbuLwBLnhiov2DGi1BTfMBaeXatLxBI9gBaebbnrfifHhDYfgasaacHOWxf9irVeeu0dXdh9vqqj=hEeeu0xXdbba9frFf0=OqFfea0dXdd9qqaq=JfrVkFHe9pgea0dXdar=Jb9hs0dXdbPYxe9vr0=vr0=vqpWqaaeaabaGaaiaacaqabeaabaqaamaaaOqaaiaadEeacaWGtbWaaSbaaSqaaiaadMgacaWGQbaabeaakiabg2da9maalaaabaGaaGOmaiaad6eadaWgaaWcbaGaamyAaiaadQgaaeqaaaGcbaGaamOtamaaBaaaleaacaWGPbaabeaakiabgUcaRiaad6eadaWgaaWcbaGaamOAaaqabaaaaaaa@3EBE@

ahol

i és j beltenyésztett vonalak,

Nij = azonos sávok száma két vonal között.

A GS-érték 0 és 1 között változhat. GS=0: a két vonalnak nincs közös RFLP-sávja, GS=1: a két vonal RFLP-mintázata azonos.

A GS-érték standard hibáját jackknife módszerrel lehet megállapítani.

Az NT SYS-pc (Rohlf, 1992) szoftverprogram GS-értékek alapján végzi a főkomponens analízist.

A vonalak, klónok, fajták, hibridek közötti genetikai távolság becslése GS-értékeken alapuló UPGMA cluster analízissel is elvégezhető és dendrogramon ábrázolható (29. ábra).

29. ábra - A GS-értékeken alapuló UPGMA cluster analízis eredményeinek dendrogramon történő ábrázolása

A GS-értékeken alapuló UPGMA cluster analízis eredményeinek dendrogramon történő ábrázolása


Ezenkívül táblázat formájában általában megadjuk a monomorf és polimorf mintázatot eredményező enzim-klón kombinációkat, valamint az RFLP-mintázatok átlagos számát klón-enzim-kombinációnként.

A következőkben egy RFLP-mintázat kiértékelését mutatjuk be saját kísérleteink alapján. Hat W117 S18 tetraploid kukorica alvonal azonosságát és/vagy különbözőségét vizsgáltuk. A Hind III-UMC46 enzim-klón kombinációval kapott mintázatot számítógépbe vittük, majd a sávokat digitalizáltuk. Mivel relatív mobilitásukat nem határoztuk meg, ezért a sávokat 1-től kezdődően beszámoztuk, majd binárisan kódoltuk (30. ábra és 12. táblázat).

30. ábra - A Hindin-UMC46 enzim-klón kombináció digitalizált RFLP-mintázata Wl 17 (4N) S18 alvonalakban (Hajós-Novák M., Dallmann G., Orosz L., nem közölt adatok)

A Hindin-UMC46 enzim-klón kombináció digitalizált RFLP-mintázata Wl 17 (4N) S18 alvonalakban (Hajós-Novák M., Dallmann G., Orosz L., nem közölt adatok)


12. táblázat - W117 S18 tetraploid kukorica alvonalak RFLP-mintázatának (Hind HI-UMC46 enzim-klón kombináció) bináris kódolása

Alvonalak

Sávok

1

2

3

5

6

7

1

0

0

0

0

1

0

2

0

0

0

1

0

0

3

1

1

0

0

0

0

4

0

0

0

0

1

0

5

0

0

1

0

0

0

6

0

0

0

0

0

1

7

0

0

0

0

0

1

8

0

0

0

0

1

0

9

0

1

1

0

0

0

10

0

0

0

0

0

1

Összes sáv (db)

1

2

2

1

3

3


Ezt követően az alvonalakat a közös sávok száma alapján páronként összehasonlítottuk, és az előbbiekben ismertetett képlet szerint minden vonalpár között genetikai hasonlósági értéket számítottunk.

A 30. ábrán látható, hogy ezen enzim–klón kombináció esetében az 1. és a 2. (GS = 0,66), valamint a 2. és a 3. alvonalak hasonlítanak legjobban egymásra (GS = 0,50). A többiek RFLP-mintázata pedig teljesen különbözik egymástól.