A gyökér szerepe a növény rögzítése, valamint a víz és az ásványi tápanyagok felvétele. A felvett anyagokat továbbítja a hajtásba, és gyakran a hajtásból származó szerves anyagokat is raktároz. A zárvatermők gyökérrendszere kétféle lehet: főgyökér-és mellékgyökérrendszer. A főgyökérrendszer a csíra gyököcskéjéből származó főgyökérből, valamint az abból kiágazó oldalgyökerekből áll. Ha a gyökérrendszer nem a csíra gyököcskéjéből származik, hanem a hajtásrendszer valamelyik részéből, akkor mellékgyökeres a növény gyökérrendszere. A pázsitfüvek csírájának gyököcskéje többnyire hamar befejezi növekedését, és a főgyökér szerepét több egyforma, a szár föld alatti csomóiból eredő gyökér veszi át, mellékgyökérrendszert alkotva. A mellékgyökerekből szintén eredhetnek oldalgyökerek. Mindkét típusú gyökérrendszer végső elágazásainak csúcsán gyökérsüveg van, amely a gyökércsúcs fiatal szöveteit védi a talajban rájuk leselkedő veszélyekkel (mechanikai károsodásokkal, kémiai hatásokkal, kórokozókkal stb.) szemben. A gyökérsüvegtől nem messze található a gyökérszőrös zóna (felszívó öv) . Ennek szerepe a tápanyag- és vízfelvételben közreműködő felületek növelése.
A gyökerek az eredetitől eltérő feladatok elvégzésére módosulhatnak. A sárgarépa megvastagodott karógyökere pl. tápanyagokat (sok karotint, amely az A-vitamin előanyaga) raktároz, a trópusi fánlakó orchideák gyökerei a levegő páratartalmát kötik meg, a borostyán hajtáseredetű léggyökerei pedig a növény fény irányába való kapaszkodását szolgálják.